CreaDrug 計算藥物對接平台

從 SMILES
到
Docking

CreaDrug 平台 · DrugOps 27 Stage 品質管控 pipeline，從首頁依序進入 Module 1→5。請執行 bin\\start_all.bat，依終端機顯示的網址開啟（預設 port 8780）。

三段落流程

段落 1 · 配體準備

藥品 · 配體

Module 1–2 · Stage 01–09

輸入 SMILES 與靶點後，系統完成標準化、質子化態與互變異構選擇，輸出可直接對接的 3D 配體。

ligand.pdb ligand.pdbqt SMILES LIGAND_READY

段落 2 · 受體清理

受體 · 蛋白結構

Module 3 · Stage 10–19

下載並清理 PDB 結構：鏈選擇、水分子去除、輔因子決策，輸出可供口袋定義與對接使用的 cleaned 受體。

cleaned.pdb receptor.pdbqt PDB ID STRUCTURE_READY

段落 3 · 對接執行

Docking 完成

Module 4–5 · Stage 21–26

定義口袋、執行 AutoDock Vina，取得最佳 pose、結合親和力與信心 tier，可在 CreaDrug 以受體＋pose 方式檢視對接結果。

best_pose.pdb affinity confidence tier DOCK_COMPLETE

準備開始新的對接流程？

從 Module 1 輸入 SMILES，全程自動化完成 27 個 Stage。

從 SMILES到Docking